Il existe, il me semble, deux types de capteurs de vitesse. Avec un nombre de dents différent.
Donc si la couronne sur ton différentiel ne correspond pas à ton capteur ça peut éventuellement être la cause.
Sinon un problème de faisceau lié au remplacement de boite puisque le problème est apparu après ça. Tu n'as donc pas besoin de chercher l'intégralité du cheminement du faisceau.